小儿慢性肾小球肾炎的病因分为原发性、继发性和遗传性三类。

1、原发性

慢性肾小球肾炎可由急性肾炎迁延不愈，炎症进展，终于进入慢性肾炎阶段。部分患者无明显急性肾炎表现，症状隐匿，但炎症缓慢进展，若干年后成为慢性肾炎。

2、继发性

小儿慢性肾小球肾炎可继发于全身性疾病，如过敏性紫癜、系统性红斑狼疮、糖尿病等。

3、遗传性

遗传性肾炎、多囊性肾病等可诱发小儿慢性肾小球肾炎。